De mest omfattande helheterna i Borgå museums historiska arkiv är från 1700- och 1800-talet. Det äldsta dokumentet i samlingen är från 1500-talet. Dokument som berättar om näringslivet i Borgå berör handel, sjöfart och industri. I hantverksarkivet finns olika skråns och enskilda hantverkares dokument med början från slutet av 1600-talet samt Borgå Hantverks- och Fabriksförenings arkiv. I arkivet finns även kartor, ritningar, bl.a. en omfattande samling med båtritritningar från Wilenius båtvarv.
I Borgå museums arkiv finns även rikligt med dokument i anknytning till gamla byggnader och personer. I samlingarna ingår arkiv från sammanslutningar som Borgå Företagardamer, Konstföreningen i Borgå och Borgå Nykterhetsvänner. I musiksamlingen ingår bland annat fotografier, noter och inspelningar från ungdomsmusikalerna ”Dajju Biznis” och “Pepe’s Place” i Borgå på 1990-talet.