Porvoon museon luonnontieteelliseen kokoelmaan kuuluu herbaarioita. Suurin osa kasvinäyttelyistä on tallennettu prässättyinä ja niitä säilytetään paperivälilehdillä, joihin on liitetty kasvilajin tiedot sekä keruupaikka ja -aika. Sammalnäytteet säilytetään erillisissä kuorissa ilman prässäämistä. Laajojen keräilijäkokoelmien lisäksi museo on tallentanut pienempiä, mutta kauniita herbaarioita, joita koululaiset ovat keränneet 1800-1900-luvun vaihteessa.
Kasvikokoelmien helmi on Arthur Magnussonin herbaario, johon kuuluu noin 1 800 hyvin säilynyttä ja huolellisesti preparoitua näytettä. Magnusson keräsi myös perhosia. Magnussonin Porvoon museossa olevat kokoelmat on kerätty 1900-luvun ensimmäisinä vuosikymmeninä.
Myös Ärla Backmanin (Pettersson) ja Erik Pippingin keräämät kokoelmat ovat huomattavia. Backman keräsi vuosina 1939–1944 noin tuhannen kasvin kokoelman pro gradu -työtään varten Pellingin luonnonsuojelualueelta. Loviisan lyseon biologian opettajana toimineen Erik Pippingin kokoelma on yli 1 500 näytteen laajuinen. Pipping tunnetaan myös vuonna 1959 julkaisemastaan oppikirjasta Skolflora.
Geologiset kokoelmat
Porvoon museon geologisiin kokoelmiin kuuluu mineraaleja ja kivilajeja eri puolilta Suomea. Museon ulkomaisissa näytteissä on sekä hiottuja että hiomattomia puolijalokiviä, sekä fossiileja.
