Museets samlingar av inhemska ryggradsdjur innehåller såväl monterade objekt som för vetenskapen konserverade exemplar.
Samlingens största och vackraste del är den så kallade K. E. Kivirikkos dublettsamling som består av monterade fåglar och däggdjur. Professor Kivirikko är vida känd som forskare och författare till en mängd vetenskaplig litteratur, men också som en skicklig djurkonservator. Hans egentliga samling bevaras i Naturhistoriska centralmuseet i Helsingfors. Han skapade sina samlingar under åren 1880–1940.
En mycket värdefull del av samlingarna är också enheten av fågelägg. Museets samling består av uppskattningsvis 1 000 ägg från 500 reden. Äggen är i huvudsak insamlade före medlet av 1900-talet, vilket nog beror på att Borgå museums samlingar består av donationer. Redan år 1923 fridlystes de första fågelarterna samt deras bon och ägg i Finlands första naturskyddslag. Äggsamlandet var därmed inte längre tillåtet för privatpersoner, och idag är det strängt förbjudet att samla vilda fåglars ägg!
Borgå museum innehar förvisso också andra typer av preparat från ryggradsdjur: skelett, skinn och vätskepreparat.
