Geologiset kokoelmat
Porvoon museon geologisiin kokoelmiin kuuluu mineraaleja ja kivilajeja eri puolilta Suomea. Museon ulkomaisissa näytteissä on sekä hiottuja että hiomattomia puolijalokiviä, sekä fossiileja.
Selkärankaiset
Museon kokoelmien kotimaisiin selkärankaisiin kuuluu niin täytettyjä kohteita kuin tieteelle talletettuja näytteitä.
Selkärangattomat
Museon luonnonhistoriallisessa kokoelmassa olevista kohteista määrällisesti suurin osa on hyönteisiä. Ja vastaavasti suurin osa hyönteiskokoelmasta on perhosia.
Sienet ja jäkälät
Sienet ja jäkälät eivät ole kasveja eivätkä eläimiä. Ne eivät vaadi paljoa säilyäkseen. Niitä ei prässätä, vaan niitä säilytetään kuivattuina.
Kasvikokoelmat
Porvoon museon luonnontieteelliseen kokoelmaan kuuluu herbaarioita. Suurin osa kasvinäyttelyistä on tallennettu prässättyinä ja niitä säilytetään paperivälilehdillä. Sammalnäytteet säilytetään erillisissä kuorissa ilman prässäämistä.
Helga Sonck-Majewski
Kokoelmassa on kukkamaalauksia ja muotokuvia, mutta Sonck-Majewskin tuotanto sisältää myös grafiikkaa kuten Vanha Porvoo -aiheisia puupiirroksia.
Walter Runebergin veistoskokoelma
Kokoelmaan kuuluu yli sata teosta, mm. laaja muotokuvakokoelma, monumentaaliteosten luonnoksia ja työvälineitä.
Yrjö A. Jäntin taidekokoelma
Kokoelmassa on suomalaista taidetta 1800-luvun lopulta 1980-luvulle. Runsaan tuhannen teoksen joukossa on maalauksia, grafiikkaa ja veistoksia, sekä piirustuksia ja mitaleja.
J. L. Runebergin kodin kokoelmat
Museon kokoelmiin kuuluu Runebergin perheelle kuuluneita esineitä, taideteoksia kuten Marcus Larsonin maalauksia ja perheen pojan Walter Runebergin veistoksia. Lisäksi kokoelmaan kuuluu valokuvia, kirjoja ja arkisto.
Johan Knutson
Porvoon museon kokoelmiin kuuluu Johan Knutsonin maalauksia, piirustuksia ja grafiikkaa, sekä useita kansallisrunoilija J. L. Runebergiin liittyviä teoksia.
Hanna Frosterus-Segerstråle
Porvoon museon kokoelmissa on Frosterus-Segerstrålen maalauksia, sekä piirustuksia ja luonnoksia. jotka museo sai lahjoituksena taiteilijan suvulta vuonna 2009.
Ville Vallgren
Kuvanveistäjä Ville Vallgren lahjoitti Porvoon museolle 1920-luvulla tuotantoaan ja työvälineitään. Kokonaisuuteen kuuluu 230 teosta, veistoksia, pienoisveistoksia ja taide-esineitä sekä Leppävaaran ateljeen kalusteita.
Albert Edelfelt
Kokoelmassa on taiteilijan maalauksia, luonnoksia, grafiikkaa, työvälineitä sekä laaja henkilöhistoriallinen aineisto. Museon esinekokoelmassa on myös runsaasti taiteilijalle ja tämän perheelle kuuluneita esineitä.
Saara Hopea-Untracht
Porvoon museon kokoelmiin kuuluu laaja kokonaisuus Hopea-Untrachtin tuotannon eri osista, hänen henkilökohtaisia esineitään ja valokuvia.
AB Iris -kokoelma
Porvoon museon AB Iris -taideteollisuuskokoelma on huomattavimpia Suomessa. Siihen kuuluu yli 300 Louis Sparren ja A.W. Finchin suunnittelemaa esinettä.