Geologiska samlingar
Borgå museums geologiska samling består av mineraler och stenarter från olika delar av Finland. Museets utländska prover består av både slipade och naturliga halvädelstenar, samt fossiler.
Ryggradsdjur
Museets samlingar av inhemska ryggradsdjur innehåller såväl monterade objekt som för vetenskapen konserverade exemplar.
Ryggradslösa djur
Bland de olika typerna av objekt i museets naturhistoriska samlingar står insekterna för det överlägset största individantalet, och bland dem fjärilarna.
Svampar och lavar
Svampar och lavar är varken växter eller djur, och det krävs inte mycket för att de skall bevaras. De insamlade proven pressas inte, utan torkas.
Växter
Borgå museum har omfattande växtsamlingar sk. herbarier. De flesta växterna är pressade, torkade och fästa på papper. Mossor däremot pressas i allmänhet inte, utan förvaras torkade i individuella kuvert.
Ville Vallgren
Skulptören Ville Vallgren donerade på 1920-talet verk och arbetsredskap till Borgå museum. Till helheten hör 230 verk; skulpturer, miniatyrskulpturer och konstföremål samt möbler från ateljén i Alberga.
Johan Knutson
I Borgå museums samlingar finns målningar, teckningar och grafik av Johan Knutson. I samlingen ingår flera verk med anknytning till nationalskalden J. L. Runeberg.
Helga Sonck-Majewski
I samlingen finns Sonck-Majewskis målningar med blommotiv samt porträtt och även grafik såsom träsnitt med vyer från gamla stan i Borgå.
Hanna Frosterus-Segerstråle
I Borgå museums samlingar ingår målningar samt teckningar och skisser av Frosterus-Segerstråle, som donerats till museet av konstnärens släkt år 2009.
Albert Edelfelt
Edelfelt samlingen består av målningar, skisser, grafik, konstnärsredskap samt av ett omfattande personhistoriskt material. I museets föremålssamling finns rikligt med föremål som tillhört konstnären och hans familj.
Saara Hopea-Untracht
I Borgå museums samlingar ingår en omfattande helhet bestående av olika föremål ur Hopea-Untrachts produktion, hennes personliga föremål och fotografier.
AB Iris
Borgå museums samling med föremål av AB Iris hör till de största i Finland med över 300 föremål planerade av Louis Sparren och A.W. Finch.
Walter Runebergs skulptursamling
Samlingen på över hundra verk bestod bl.a. av en stor porträttsamling, skisser för monumentalverk och även verktyg.
Yrjö A. Jänttis konstsamling
I samlingen ingår finsk konst från 1800-talets slut fram till 1980-talet. Bland den drygt tusen verk stora samlingen finns målningar, grafik, skulpturer samt även teckningar och medaljer.
J.L. Runebergs hems samlingar
Museets samlingar består av föremål som tillhört familjen Runeberg, samt av konstverk såsom målningar av Marcus Larson och skulpturer av familjens son Walter Runeberg. I samlingen ingår dessutom fotografier, böcker och ett arkiv.